NIELS EBBESEN havde tre dæk: baks- og bådedækket, hoveddækket og banjerdækket. Over baks- og bådedækket var dækshuset med styrehus, sonar og plotterrum. Øverst var en åben kommandobro, som blev overdækket ca. 1948-49. Helt øverst en 4 m. afstandsmåler/ildlederanlæg.
Overbygningen bestod ligesom skroget af stålplader, dog med forskellige dimensioner, alt efter hvor de var placeret.
De fleste elementer i overbygningen på modellen er lavet af balsatræ beklædt med styren. Denne kombination har den fordel, at den har ringe vægt og er nem at arbejde med.
Koøjerne er fremstillet af messingrør med en indsat plexiglasstang for at simulere glasset.
Luger, hængsler og vingemøtrikker er lavet af styren, ligeledes de mange
skabe og kasser, som dog har en kerne af træ.